由民間婦女團體推動、民間代表過半、透過國家機制「由上而下」主導政府決策的婦權會於1996年首先成立於台北市，1997年在行政院設立，1998年內政部成立「財團法人婦女權益促進發展基金會」（婦權基金會）做為其幕僚單位，開啟民間與政府對話的窗口，成為婦女資源與資訊交流中心。2002年起，各地政府陸續成立婦權會，至今所有縣市級以上政府皆有設立婦權會。（台北市於2002年更名為女性權益促進委員會，簡稱女委會。）
婦權會凝聚了政府與民間不同專業，發揮政策規劃、諮詢、督導及資源整合的功能，有效推動婦女權益工作，追蹤列管相關部會執行委員會決議事項。行政院婦權會成立以來，最顯著的功效是全面推動「性別主流化」，及促建高層級的性別政策國家機制。
性別主流化是1995年聯合國第四屆國際婦女會議北京論壇的重要決議，但因台灣非聯合國會員國，對政府不具有強制力，而由行政院婦權會及婦權基金會主導。2002年，全國婦女團體聯合會等婦女團體也利用中央政府組織再造契機，催生政府體制內的性別平等機制。2010年１月立法院通過新的「行政院組織法」，在行政院下增設性別平等處，並維持婦權會。性別主流化、性平機制以及婦運團體自1990年代以來大力推動的性別比例代表制在台灣婦運界經常被籠統混稱為性別主流化。
2003年以來行政院婦權會推動的性別平等創制包括：
（1） 各部會設置性別聯絡人。
（2） 落實性別比例原則，所有部會所屬的委員會應達到「任一性別比例不得少於三分之一」原則。
（3） 執行「性別主流化實施計畫」，分為培訓、試辦及推廣三階段。
（4） 成立性別平等專案小組，所有部會「性別平等專案小組」，由民間婦女團體和專家學者參與各部會性別 決策。並組成跨部會「性別主流化支援小組」，工作重點包括性別統計、性別預算、性別分析、性別 影響評估、性別意識培力、各部會性別平等專案小組運作等。
由於行政院婦權會委員在以上任務中扮演關鍵角色，是否獲得行政首長重視、與行政官員之間能否彼 此信任、本身是否具有足夠的代表性和專業知識、是否願意無私投入，以及民間團體之間對於重要議 題是否已建立相當共識，都影響執行的成效。否則，委員們以民間人士身份指揮行政體系，固然在短 期內可能因人設事，有所建樹，卻有違責任政治，長期以來形成委員們有權無責的反民主現象。另一 方面，婦權會無人監督、不必究責，多數縣市婦權會受到婦運團體批評為「形同虛設」。
3.2 性別平等政策與立法
在臺灣各政黨及民間婦女團體對國家的大部分婦女政策有相當的共識，與聯合國歷屆世界婦女大會的宣言亦相契合。近十餘年來婦女權益的立法及政策皆為朝野婦女團體與政府共同努力的成果，如：
1985-2002年民法親屬編歷經五次修正，在夫妻財產、姓氏、子女姓氏、住所、子女監護權方面皆達 男女平等。
1995年8月制定「兒童及少年性交易防制條例」；
1996年取消外交領事人員特考對女性錄取名額的限制；
1996年9月修正民法親屬編第1089條，父母平等行使親權；
1997年1月制定「性侵害犯罪防治法」；
1998年6月制定「家庭暴力防治法」；
1999年4月修正刑法第十六章「妨害風化罪」為「妨害性自主罪」、增列第十六章之一「妨害風化 罪」、修正第二十六章（妨害自由罪）、第二十八章（妨害秘密罪）及總則，納入兩性平等觀念、性 侵害加害人強制治療，施以保安處分，賦予法源依據等。
2000年5月制定「特殊境遇婦女家庭扶助條例」。
2001年12月制定「兩性工作平等法」，並於2002年婦女節施行。
2004年6月制定「性別平等教育法」。
2005年制定「性騷擾防治法」。
2008年修正「兒童及少年福利法」、「性別工作平等法」，已關注到立法維護的是弱勢性別的權益， 而不單是婦女的權益，這是在性別平等觀念的提升與進步。
2009年1月制定「人口販運防治法」。
2009年修正「特殊境遇婦女家庭扶助條例」為「特殊境遇家庭扶助條例」。
相應於以上各法，內政部成立「家庭暴力及性侵害防治委員會」，並輔導各縣市政府設置「家庭暴力及性侵害防治中心」、「性騷擾防治委員會」，防治性暴力及性騷擾，以維護婦女人身安全與尊嚴。教育部成立「性別平等教育委員會」，規劃推動各級學校的兩性平等教育及防治性別歧視工作。勞委會成立「性別工作平等會」，各地方主管機關設置「就業歧視評議委員會」。
政府中女性權益促進組織的建置時間點，皆在1995年第四屆世界婦女大會北京宣言之後，顯示長期為台灣民間婦運團體所極力爭取的婦女權益主張，藉著聯合國的加持獲得政府的接納，從此由離經叛道正當化成為符合世界潮流的主流觀念。我國雖非聯合國會員國，政府亦不再遲疑設置機構，訂定政策、法規，並經由教育宣導全面推動。
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